民国二十八年（1939年），为旗王府所在地。
1956年，设百灵镇。
1957年，改名锡尼镇。
1958年，改锡尼公社。
1980年，恢复建制镇。
1998年，巴音布拉格苏木锡尼布拉格嘎査并入。
2003年，阿日斯楞图苏木并入。
2005年，四十里梁镇、阿门其日格乡、浩绕柴达木苏木部分嘎査村并入。
2011年末，锡尼镇辖团结、民俗音乐、新华、胜利、育才、建安6个社区，巴音补拉格、浩绕海西蒙古族藏族自治州、夭斯图、锡尼补拉格、赛音台格、扎日格、道劳呼都格、阿斯尔、阿拉腾图布希、中图、新井渠、天德恒湾、广丰、阿日柴达木、乌兰散包、察合尔乌素、陶赖高勒、胜利、古城梁、布哈岱、阿门其日格21个行政村（嘎査）；下设11个居民小组、208村民小组。
截至2020年6月，锡尼镇下辖6个社区和21个行政村（嘎査）。 镇人民政府驻团结社区。
锡尼镇地处杭锦旗东南部，为旗人民政府驻地，是库布其沙漠和毛乌素沙漠的握手地带，东与独贵塔拉镇毗邻，南与伊金霍洛旗苏布尔嘎镇、乌审旗乌审召镇接壤，西与鄂托克旗巴音淖尔镇相连，北与伊和乌素苏木为邻， 区域面积3109平方千米。
锡尼镇地处杭锦旗南部，地势南高北低，地形以波状高原为主，平均海拔1389米。
锡尼镇属温带大陆性季风气候，其特点是春季干旱、风大、少雨；夏季温和短暂，降雨较为集中；秋季晴朗少云，阳光充足，昼夜温差大，无霜期短，蒸发量大；冬季漫长、寒冷、少雪、多寒潮；多年平均气温6.3℃，1月平均气温-11.6℃，极端最低气温-32.1℃（1960年12月8日），7月平均气温22℃，极端最高气温38.1℃（2007年7月16日）；最低月均气温-25.2℃ （1967年12月），最高月均气温30.8℃（2000年7月）；平均气温年较差13.1℃，生长期年平均155~194天。无霜期年平均132天，最长达161天，最短为101天。年平均日照时数3192.5小时，年总辐射153.8千卡/平方厘米；0℃以上持续期223天，（一般为3月25日~11月2日）。年平均降水量279.4毫米，年平均降水日数为70天，最多达96天（2003年），最少为43天（1965年），极端年最大雨量为512.3毫米（1967年），极端年最少雨量为103.3毫米（1965年），降雨主要集中在每年的7~8月，8月最多。
锡尼镇境内属闭流区，有陶赖沟、扎克特河，总长100.1千米，河网密度0.03千米/平方千米，年径流总量514.5万立方米，境内最大的河流为陶赖沟，从阿斯尔嘎査至赛育台格嘎査流经境内阿拉腾图布希嘎査、陶来勒村，长83.8千米，流域面积905.2平方千米，年平均径流量362.1万立方米。
锡尼镇主要自然灾害有干旱、沙尘暴、冰雹、霜冻等。旱灾发生率为十年九旱，主要发生在5~9月。最严重的一次旱灾发生在2011年5~8月，干旱造成1.1万人，30万头（只）牲畜饮水困难，21万亩农作物绝收，造成直接经济损失1200万元，沙尘暴一年四季均有发生。
锡尼镇境内已探明天燃气区块面积0.98万平方千米，储量500亿立方米。浅水层地下水资源流量为120万立方米，分布在境内东部地区，年利用60万立方米。
2011年末，锡尼镇辖区总人口5.03万人。
2017年，锡尼镇常住人口61135人。
截至2018年，锡尼镇户籍人口50895人。
2011年，锡尼镇财政总收入1605万元，比上年增长9.93%；从各主要税种看，完成营业税582万元，企业所得税和个人所得税450万元，分别比上年增长9.81%、-8.44%。
锡尼镇有农业耕地面积28万亩；可利用草地面积210万亩，林地面积132万亩。2011年，农业总产值3.3亿元，比上年增长3%，农业增加值占生产总值的23%；粮食作物以玉米、马铃薯等为主。2011年，生产粮食6.8万吨，其中玉米5万吨，马铃薯1.6万吨。主要经济作物有向日葵属、甘草、蔬菜等。2011年，甘草种植面积3.1万亩，蔬菜基地节能日光温室大棚450座，种植面积360亩，产量288吨，主要品种有黄瓜、西红柿、白菜、油菜、豆角、青椒、茄子、尖椒等。
锡尼镇畜牧业以饲养生猪、羊、牛、家禽为主。2011年，生猪饲养量2.3万头，年末存栏0.7万头；羊饲养量29.9万只，年末存栏16.3万只；牛饲养15070头，年末存栏2947头；家禽饲养量50万羽，上市家禽35万羽。2011年，生产肉类2.5万吨，其中猪肉2.2万吨，羊肉2040吨，牛肉424.6吨；畜牧业总产值2.7亿元。
截至2011年末，锡尼镇累计造林128万亩，全部为防护林，农民住宅四旁树木42万株，林木覆盖率26.8%，活立木蓄积量4.6万立方米。2011年，水果种植面积490亩，年产量760吨，主要品种为苹果、杏、梨，其中苹果410吨，杏180吨，梨170吨。
2011年，锡尼镇有大型农业机械110台（辆）；名优特农产品有养麦、山药；绿色环保农产品有中图村蔬菜基地种植的黄瓜、西红柿等；农牧民人均纯收入9200元。
锡尼镇工业形成以装备制造、煤矿石、天然气、太阳能、风电为主的工业体系。2011年，工业总产值达到5.74亿元，比上年增长2%；2011年，规模以上工业企业5家，职工439人。
2011年末，锡尼镇有商业网点231个，职工347人；社会商品销售总额达5.76亿元，比上年增长6.2%；城乡集市贸易成交额4.2亿元，比上年增长5%。
2018年，锡尼镇有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市47个。
2011年末，锡尼镇境内有农村信用合作联社1家金融机构设立了办事处；各类存款余额5230万元，比上年增长21%；各项贷款余额4100万元，比上年增15%。
1994年，开通了杭锦旗有线电视台，有中央和各省、市的64个电视频道在本地落户。2011年末，有线电视用户2万户，其中数字电视用户5000户，电视综合覆盖率98%，全年公共电视台节日播出8640小时。
2011年末，锡尼镇有文化艺术团体6个，会员341人；文化站1个，社区文化活动中心6个，建筑面积1050平方米；公共图书室3个，建筑面积250平方米，藏书2.5万册；农家书屋21个，建筑面积912平方米，藏书2.1万册。文化专业户12个，文化行业从业人员7人。
锡尼镇地方特色民间艺术有二人台、秧歌、古如歌等。举办的文化中国艺术节有社区书画作品展、广场消夏晚会、中央广播电视总台元宵晚会、社区居民文化节等。
2011年末，锡尼镇有学校体育场地8处，100%社区安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的30%。
2011年末，锡尼镇有幼儿园4所，在园幼儿1890人，专任教师129人；小学4所，在校生4160人，专任教师349人，小学适龄儿童入学率100%；初中2所，在校生5200人，专任教师435人，初中适龄人口入学率97.8%，小升初升学率95%，九年义务教育覆盖率100%。
2011年，锡尼镇教育经费达1.4亿元，国家财政性教育经费1.4亿元，财政预算内教育经费1.2亿元，预算内教育事业费8856.4万元，分别比上年增长1%、26%、-5.7%、-23.5%；预算内教育经费（包括城市教育附加）占财政总支出的比例为14.6%，比上年减少了3.3个百分点。
2011年末，锡尼镇有卫生院4所，社区卫生服务中心3个，村卫生室21个；病床146张，其中公立卫生机构床位44张，每千人拥有医疗床位2.9张，固定资产总值128万元。专业卫生人员55人，其中执业医师27人，执业助理医师6人，注册护士8人，平均每千人拥有卫生技术人员1.1人、执业（助理）医师0.7人、注册护士0.2人；2011年，医疗机构（门诊部以上）完成诊疗2.3万人次，住院手术15台次，出院病人15人次。
2011年，锡尼镇法定报告传染病发病率为268.5/10万，农村安全饮用水普及率91.1%，农村卫生厕所普及率28.8%，新型农村合作医疗参合人数2.6万人，参合率94.21%；5岁以下儿童死亡率、婴儿死亡率，新生儿死亡率分别为2.7‰、2.7‰、1.3‰。
2011年，锡尼镇有城镇最低生活保障户数621户，人数1292人，支出662万元，比上年增长9%，月人均426元，比上年增长5%；城市医疗救助51人次、共支出46万元，比上年增长20%；城市生活无着落人员救助5人次，共支出3500元。农村最低生活保障户数1409户，人数2393人，支出757万元，比上年增长8%，月人均263元，比上年增长2%；农村五保分散供养154人，支出62万元，比上年增长2%；农村医疗救助112人次，共支出80万元，比上年增长15%；农村临时救济160人次，支出30万元，比上年增长30%。
2011年，锡尼镇自然灾害受灾人口1.2万人，农作物受灾面积5.3万亩，倒塌房屋32间，直接经济损失1200万元，救灾支出120万元，比上年增长30%；国家抚恤、补助各类优抚对象75人，抚恤事业费支出44万元，比上年增长6%。
2011年，锡尼镇有社区服务设施6个，其中社区服务中心6个；社区日间照料床位数40张，新增就业人员567人，有201名下岗失业人员实现了再就业，就业困难人员再就业83人，年末城镇登记失业人数325人，城镇登记失业率为3.2%；参加城镇居民医疗保险1538人，比上年末增加126人，参加失业保险186人，比上年末增加12人，参加工伤保险的农民工1120人，比上年末增加80人。
2011年末，锡尼镇有邮政网点3个，投递路线单程总长度80千米，投递点8个，乡村通邮率100%。有电信企业3家，服务网点15个；电话交换机总容量11万门，固定电话用户7000户，电话用户普及率30%；移动电话用户5.1万户，比上年增加420户，移动电话普及率为89%，比上年提高1个百分点；光缆线路总长达24千米，主干电缆达2000对千米，互联网端口总数7700个，其中已占用端口总数5000个，宽带接入用户4520户，比上年增加240户，全年电信业务收入810万元。
锡尼镇已形成由公路运输方式构成的交通运输网络；2011年客运总量36万人次，货运总量1200万吨。
锡尼镇境内有荣成－乌海高速公路过境，境内长46千米，双向4车道，有阿门其1个出口，向西通往乌海市，向东通往康巴什区；109线国道过境，境内长65千米，双向4车道，向东通往东胜区，向西通往鄂托克旗旅；215省道过境，境内长176千米，双向2车道，向南通往乌审旗、向北通往乌拉特前旗；有县乡（镇）级公路4条，总长71千米；锡尼镇站为客运站，日均发送75辆客车，日客运量1000人次。
鄂尔多斯草原旅游区为国家AAAA级旅游景区，位于中国内蒙古自治区鄂尔多斯市杭锦旗锡尼镇西南9公里处。视野草场面积约30平方公里，核心区由一个蒙古大营和300多个蒙古包组成的蒙古包群，设计独特，别具一格。按功能区划分为综合服务区、汽车营地区、民俗文化体验区、草原休闲娱乐区、草原休闲度假区、草原生态观光区六个功能区。
龙洋旅游休闲度假区位于鄂尔多斯市杭锦旗锡尼镇东4公里处，龙洋旅游休闲度假区是一块自然草原。是一个以草原自然景观为载体，一个以度假休闲为主题、以种养殖为依托、以生态娱乐旅游为亮点的度假型旅游区。总占地面积1500亩，其中：水域面积30亩，草原面积880亩，沙漠面积200亩。绿化带300亩。现已建成生态观赏区、娱乐区、休闲度假区、采摘区、水上娱乐区、养殖区、种植区、珍禽观赏区等八个区域。