新型农村合作医疗制度，简称“新农合”，是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
1997年5月28日，中国国务院批转《关于发展和完善农村合作医疗的若干意见》指出争取在2000年初在全国大多数地区建立起农村合作医疗制度。2003年1月10日，《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》明确新农合从2003年起试点，2010年10月，《中华人民共和国社会保险法》明确新农合制度列为中国三大基本医疗保险制度之一。到2016年，参加新农合的人口数量为2.75亿人，参合率高达99.36%。2016年1月国务院发布《关于整合城乡居民基本医疗保险制度的意见》，提出建立“六统一”的城乡居民医保制度，即统一覆盖范围、统一筹资政策、统一保障待遇、统一医保目录、统一定点管理、统一基金管理，城镇居民基本医疗保险和新农合整合为城乡居民基本医疗保险制度。
新农合制度的主要原则是自愿参加，多方筹资；以收定支，保障适度；先行试点，逐步推广。具有医疗济贫制度、福利诱导型保险制度、非纯粹的合作医疗保险的性质，以及政策性、自愿性、补偿性、预防性的特征。其主要功能在于促进经济增长、提高经济素质、维系社会安定。同时有研究指出，在部分经济不发达的地区以及医疗资源有限的地区，新农合的推进受限于政策、经济条件等，存在明显缺位，面临市场困境，存在地方政策不足及程序或保障问题。
1997年5月28日，中国国务院批转了卫生部、民政部等部门联合起草的《关于发展和完善农村合作医疗的若干意见》，指出争取在2000年初在全国大多数地区建立起农村农村医疗保险制度。
新农合制度是由政府组织和引导，农民自愿参加的一种“自上向下”的互助制度探索。2001年5月，国务院体改办国家计委等联合发布《关于农村卫生改革和发展的指导意见》，提出要按照自愿量力、因地制宜、民办公助的原则继续发展农村合作医疗。次年10月，中共中央、国务院颁布了《关于进一步加强农村卫生工作的决定》，指出要在中国农村地区逐步建立和完善新型农村合作医疗制度。文件规定：到2010年在全国农村基本建立起适应社会主义市场经济体制要求和农村经济社会发展水平的农村卫生服务体系和农村合作医疗制度；建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度和医疗救助制度。同年12月通过《中华人民共和国农业法（修订草案）》，明确“国家鼓励、支持农民巩固和发展农村合作医疗和其他医疗保障形式，提高农民健康水平”。
2003年1月10日，中国卫生部、财政部、农业部联合发布《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》，提出新型农村合作医疗制度的目标和原则、组织管理、筹资标准、资金管理、医疗服务管理、组织实施等具体要求，明确从2003年起试点，到2010年实现在全国建立基本覆盖农村居民的新型农村合作医疗制度的目标。国务院成立新农合部际联席会议，具体包括卫生部、财政部、民政部等14个中央部委，由时任国务院副总理吴仪担任组长。
试点工作推进后，国务院办公厅于2004年1月转发《关于进一步做好新型农村合作医疗试点工作的指导意见》，标志着全国范围内新型农村合作医疗制度试点的全面展开。次年5月，卫生部、财政部联合发布《关于做好新型农村合作医疗试点有关工作的通知》，指出要深入开展对现有试点的检查评估工作，8月，国务院召开了“加快建立新型农村合作医疗制度”的常务会议。会议决定将新型农村合作医疗制度基本覆盖农村居民的时间表从2010年提前到2008年。
2006年1月10日，中国卫生部、国家发展改革委员会、民政部、财政部、农业部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局等联合发布《关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知》，明确试点目标为：2006年全国试点县（市、区）数量达全国县（市、区）总数的40%，2007年扩大到60%，2008年在全国基本推行，2010年实现新型农村合作医疗制度基本覆盖农村居民。同年3月，卫生部下发《开展新型农村合作医疗试点评估工作的通知》，对2003年第一批实行新农合的试点县开展成效评估工作。
截至2006年，开展新农合的县（市、区）增加到1451个，参合人数4.1亿人，参合率80.7%。
2007年1月，吴仪在《全国新型农村合作医疗工作会议》上对新农合试点成绩给予充分肯定，认为新农合制度框架和运行机制已经基本形成，可以从试点运行阶段推动到全面推开阶段，财政部、卫生部联合下发《关于调整中央财政新型农村合作医疗制度补偿资金拨付办法有关问题的通知》，对新农合资金补助的合理化、规范化进行具体部署；3月，再发布《关于做好2007年新型农村合作医疗工作的通知》，指出全国80%以上的县（市区）能够实行新农合制度；9月，国家中医药管理局、卫生部、财政部联合发布《关于完善新型农村合作医疗统筹补偿方案的指导意见》，提出逐步规范统筹模式、合理制定补偿方案、规范基金使用和明确基金补偿范围等八项内容，以提高基金使用效率和农民受益水平。次年3月，卫生部、财政部联合下发《关于做好2008年新型农村合作工作的通知》，要求进一步提高新农合的补助标准及进一步改进新农合基金运行体系，维护基金安全。
截至2008年底，有93.57%的县区实行了新农合制度，参合人口达8.04亿，参合率91.05%。至2009年，所有开展新农合的省份的人均筹资标准均已超过100元。
2010年10月，《中华人民共和国社会保险法》明确新农合制度列为中国三大基本医疗保险制度之一。同期，各级财政补贴部分以年均20%的速度增长，政府不断出台文件优化补偿方案和提高对参合农民的保障水平，如同年6月卫生部出台《关于开展提高农村儿童重大疾病医疗保障水平试点工作的意见》，选取儿童急性白血病和先天性心脏病两类疾病开展参合农民重大疾病保障制度的试点工作；2012年出台《关于加快推进农村居民重大疾病医疗保障工作的意见》，将纳入的病种数量增加到20种；次年新农合重大疾病保障制度进一步扩展保障范围，纳入将儿童苯丙酮尿症和尿道下裂2个病种，病种数量扩展至22种。
截至2013年底，18种疾病在全国近90%的新农合统筹地区推开，25%左右的试点地区开展尿道下裂和苯丙尿症的病种试点。
2015年2月，为加快推进基本医保全国联网和异地就医结算工作，国家卫生计生委、财政部发布《关于做好新型农村合作医疗跨省就医费用核查和结报工作的指导意见》，全面推进新型农村合作医疗(（包括卫生计生部门负责的城乡居民基本医疗保险）异地就医联网结报工作，并且制定了《全国新型农村合作医疗异地就医联网结报实施方案》。
2016年5月，国家卫生计生委会同财政部联合印发了《关于做好2016年新型农村合作医疗工作的通知》，部署2016年新农合重点工作。到2016年，参加新农合的人口数量为2.75亿人，参合率高达99.36%。
最早提出城乡居民医保制度整合的是2012年11月的党的十八大会议，次年《国务院机构改革和职能转变方案》提出应由一个部门总体承担城镇职工医保、城镇居民医保和新农合的职责。2015年，党的十八届五中全会明确提出要在“十三五”期间实现城乡居民医保制度的整合。次年1月国务院发布《关于整合城乡居民基本医疗保险制度的意见》，提出建立“六统一”的城乡居民医保制度，即统一覆盖范围、统一筹资政策、统一保障待遇、统一医保目录、统一定点管理、统一基金管理。
截至2016年底，中国共有29个省、自治区直辖市出台城乡居民医保整合的规划方案，至2017年，344个地市（不含京、津、沪渝）已有85%的地市出台了整合方案，其中65%的地市启动运行。
2018年3月，党的十九届三中全会通过《深化党和国家机构改革方案》，决定组建国家医疗保障局统一管理原分属不同部门的城镇职工医保、城镇居民医保和新农合制度，监督管理相关医疗保障基金。
自愿参加，多方筹资。农民以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗，遵守有关规章制度，按时足额缴纳合作医疗经费；乡（镇）、村集体要给予资金扶持；中央和地方各级财政每年要安排一定专项资金予以支持。
以收定支，保障适度。新型农村合作医疗制度要坚持以收定支，收支平衡的原则，既保证这项制度持续有效运行，又使农民能够享有最基本的医疗服务。
先行试点，逐步推广。建立新型农村农村医疗保险制度必须从实际出发，通过试点总结经验，不断完善，稳步发展。要随着农村社会经济的发展和农民收入的增加，逐步提高新型农村合作医疗制度的社会化程度和抗风险能力。
加强农村卫生服务网络建设，强化对农村医疗卫生机构的行业管理，积极推进农村医疗卫生体制改革，不断提高医疗卫生服务能力和水平，使农民得到较好的医疗服务。各地区要根据情况，在农村卫生机构中择优选择农村合作医疗的服务机构，并加强监管力度，实行动态管理。要完善并落实各种诊疗规范和管理制度，保证服务质量，提高服务效率，控制医疗费用。
医疗济贫制度
20世纪90年代，农民的看病问题日益突出，1998年自费医疗的农民占比高达87.32%，农民因经济困难看不起病的比例为33.16%，因病致贫、因病返贫的比例达22%。低收入是导致大部分农民生活贫困的直接原因，为此，政府建立新农合制度，通过对中高收入者征税，将税收的一部分转移补贴给农民，帮助他们建立合作医疗基金池，以解决农民病无所医、因病致贫和因病返贫的问题。
福利诱导型保险制度
福利诱导即参保农民除了获得原本就属于参保农民由其个人缴纳保费的医疗金之外，还可以享受其他来源的医疗金，包括由政府投入的资金和集体投入的资金，但是参保农民个人必须缴纳保费，不参保则不能享受。在新农合制度中，农民个人缴费体现新农合的互助共济；地方财政资金的投入能起到财政收入的再分配功能，体现新农合的福利性，有利于促进社会公平。因此新农合的政策取向是以家庭为基础的部分风险的分散，国家给予大额补贴作为诱导。
非纯粹的合作医疗保险
该合作医疗保险形式与合作保险有差异：一般的合作保险都是出险后均摊保费，不实行预收保费制，且保险人和被保险人是同一人，而新农合却是采取预收保费的方式，保险人（政府扮演）和被保险人（农民）分离，这两个特征使新农合这种合作医疗保险带有了商业保险的色彩，因此是一种非纯粹的合作医疗保险。
政策性
新农合是一项社会政策，其营运主体是政府，以国营为原则，国家和政府负有不可推卸的责任对于确保新农合制度的实施具有重要意义，表现在当新农合基金出现赤字影响其运行时，国家财政负有兜底的责任。
自愿性
自愿是指农民作为被保险人一方对于是否参加新农合可以自由选择和更改，可以选择参加新农合，也可以选择不参加新农合，可以选择今年参加，明年不参加，也可以选择今年不参加，明年参加。之所以如此，是因为考虑到农民的保险意识薄弱，对新农合的接受需要循序渐进。
补偿性
补偿性主要表现在劳动力再生产方面。为了保障劳动力的再生产正常运行，就需保障劳动者的身体机能在受到疾病侵袭后及时有效地恢复。但是，由于农民的现金收入比较低，医疗费用又比较高，因此，农民的身体机能有可能因为看不起病而招致损害，甚至丧失。为保障农民免于病无所医，实行农村医疗保障，使农民在生病后，能获得一定比例的医疗费用补偿，以助身体机能的恢复，从而使劳动力的再生产得以继续进行下去。
预防性
新农合从收取保费到保险金给付的全过程，带有事先储蓄以预防意外需要的性质。新农合的预防性特色反映在农村医疗保险基金的建立上。因为通过各方筹措而建立起来的医疗保险基金，可由国家用在每个参保农民身上防范他们在生产和生活中面临的患病后货币收入减少或货币支出增加的风险。这种通过投保而实行的保险制度，和侧重善后的医疗救助相比，其预防性特色就更加明显了。未雨绸缪，增强预防性是农民安居乐业和农村经济发展所必需的。
根据现代经济增长理论，劳动者素质的提高能够促进经济增长，而新农合可以加强这个因素：一是新农合的实施可以使农民的平均寿命和劳动年限得到延长，相对增加了社会劳动力投入总量；二是患病有医疗，使劳动力的再生产得以顺利进行，有利于提高劳动者的素质，从而提高社会的劳动效率。由此可见，新农合不是一种国家负担，而应当是一种生产性的人力资本的投资。
经济发展既有量的增加，又有质的提高。经济增长是经济发展的数量表现，表明社会生产出来的商品和劳务的增加经济素质的提高是经济发展的质量表现，表明人们生活水平的普遍提高和社会福利状况的改善。因此，衡量经济有否发展，不但要看国民收入总量是否增加，而且还要看国民收入在社会成员中的分配状况是否改善以及社会福利是否增进。新农合制度可以改善人们的健康状况，改善收入分配状况，减少贫困，提高人们的生活质量，这也是促进社会经济发展的重要内容。
新农合有利于提高经济素质的功能还可以从人的精神上得到体现，新农合是以互助共济为主要行为方式的制度，其实质是"我为人人，人人为我”，这是一种先进的独立道德的体现，有利于协调人与人之间的社会关系，培养人们团结互助共同发展、无私奉献的精神，从而实现和谐社会。
新中国成立以后，在农民医疗保障制度缺失的情况下，农民个人和家庭面临的疾病风险有可能演变成严重的社会问题和社会风险，如果放任发展，产生的社会后果不堪设想。因此，无论是从社会发展的角度，还是从防范社会风险的角度，国家都要努力寻求化解农民疾病风险的办法与措施，通过制度安排以保障所有农民病有所医。新农合制度的建立正是基于这一出发点，它有利于消除农民的不安全感和不公正感，让农民能够无后顾之忧地从事生产和生活，对于缩小城乡差距、维护社会稳定，进而促进经济发展具有重要的作用。
实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制：
农村合作医疗基金是由农民自愿缴纳、集体扶持、政府资助的民办公助社会性资金，要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理，必须专款专用，专户储存，不得挤占挪用。
管理机构
农村农村医疗保险基金由农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理。农村合作医疗经办机构应在管理委员会认定的国有商业银行设立农村合作医疗基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全农村合作医疗基金管理的规章制度，按照规定合理筹集、及时审核支付农村合作医疗基金。
收缴划拨
农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，原则上按年由农村合作医疗经办机构在乡（镇）设立的派出机构（人员）或委托有关机构收缴，存入农村农村医疗保险基金专用账户；地方财政支持资金，由地方各级财政部门根据参加新型农村合作医疗的实际人数，划拨到农村合作医疗基金专用账户；中央财政补助中西部地区新型农村合作医疗的专项资金，由财政部根据各地区参加新型农村合作医疗的实际人数和资金到位等情况核定，向省级财政划拨。中央和地方各级财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金专用账户，并通过新型农村合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可能简化程序，易于操作。要结合财政国库管理制度改革和完善情况，逐步实现财政直接支付。关于新型农村合作医疗资金具体补助办法，由财政部商有关部门研究制定。
补助内容
农村农村医疗保险基金主要补助参加新型农村合作医疗农民的大额医疗费用或住院医疗费用。有条件的地方，可实行大额医疗费用补助与小额医疗费用补助结合的办法，既提高抗风险能力又兼顾农民受益面。对参加新型农村合作医疗的农民，年内没有动用农村合作医疗基金的，要安排进行一次常规性体检。各省、自治区、直辖市要制订农村合作医疗报销基本药物目录。各县（市）要根据筹资总额，结合当地实际，科学合理地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，确定常规性体检的具体检查项目和方式，防止农村农村医疗保险基金超支或过多结余。
监管方式
加强对农村合作医疗基金的监管。农村合作医疗经办机构要定期向农村合作医疗管理委员会汇报农村合作医疗基金的收支、使用情况；要采取张榜公布等措施，定期向社会公布农村合作医疗基金的具体收支、使用情况，保证参加合作医疗农民的参与、知情和监督的权利。县级人民政府可根据本地实际，成立由相关政府部门和参加合作医疗的农民代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期检查、监督农村合作医疗基金使用和管理情况。农村合作医疗管理委员会要定期向监督委员会和同级人民代表大会汇报工作，主动接受监督。审计部门要定期对农村合作医疗基金收支和管理情况进行审计。
资料来源
资料来源
2007年7月10日，国务院颁布《关于开展城镇居民基本医疗保险试点的指导意见》，决定开展覆盖全体城镇非从业居民的基本医疗保险制度试点。城镇居民自愿缴费参保，同时政府给予适当补助。2009年《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》提出2009年全面推行城镇居民基本医疗保险制度。到2016年末，中国参加城镇居民基本医疗保险的人数为4.49亿人。同年，城镇居民基本医疗保险和新农合整合为城乡居民基本医疗保险制度。
从制度层面看：
从管理层面看：
资料来源
有研究指出，在部分经济不发达的地区以及医疗资源有限的地区，新农合的推进受限于政策、经济条件等，存在明显缺位：
经济不发达地区存在一定的市场化困境。由于家庭联产承包制的实施，农村集体经济被严重弱化，导致村民对于本村的发展并不关心，因此出现了制度难以在村内有效推行的情形。同时，乡镇卫生室、卫生院被承包或转让给个体经营，限制了公共卫生资源的投入，形成农村医疗卫生资源匮乏、卫生基础建设滞后的局面，从而影响了新农合的进一步推进。同时，部分经济条件有限的地区，因为地方政府面临着巨大的财政缺口，导致县乡财政运转困难，无法调拨有效资金进入新农合体系，导致这些地区的农村医疗卫生资源匮乏。甚至，部分地区还出现了有当地村干部违法套取农民新农合补贴的行为，对新农合的推行造成了极大的伤害。
基层政府的意识不足
农村新农合属于政府实行的社会公益事业，部分地区的基层政府将医疗卫生支出仅仅作为公共福利消费，在投入时往往难以符合公众基本需求的客观标准。部分地区对于农村医疗体系建设往往仅从控制成本的角度人手，却忽视了卫生投入。同时，由于约束制度不健全，导致部分医疗机构出现明显漏洞，以收费来弥补资金缺口的“过度服务”的现象使得资源严重浪费，也损害了农民的权益。
考评制度不合理
不少农村地区对于基层干部的考核往往从经济发展、环境保护的角度入手忽视了医疗卫生建设这一领域，导致基层干部对于农村医疗卫生建设的热情不高，对于新农合不够重视，出现了医疗政策难以进一步落实的问题。
程序及保障问题
新农合的申报登记较为烦琐，报销程序也较为麻烦，这给部分文化水平不高的农民带来了极大的麻烦。城镇医保可以通过社会医疗保险卡直接缴费再结算，但新农合医保烦琐的登记、报销程序给农民带来了很多麻烦，因此部分农民对于新农合有意见，甚至不愿意加入新农合体系之中。
由于农村仍存在着较大的贫富差距，一部分贫困家庭，即便通过新农合能够报销一部分医疗费用，但遇到严重的大病时，他们仍无力负担，往往选择放弃治疗。这种情况进一步加重了部分农民对于新农合的不理解。
保障水平有限
新农合的特点在于大病统筹兼顾小病理赔，因此不少常见疾病无法纳入报账系统。而对于农民而言，多数疾病并非大病，通常都是门诊和因农业劳动而产生的跌打损伤等，但这些内容未包含在新农合体系之中，农民感到实际受益没有预想的那么大，所以对于新农合的热情不高。
了解不足，社会满意度低
新农合属于社会保险体系，它强调的是保障社会整体，而非个人。所以，受益的农民和政府补助资金来源的纳税人的满意度对其成功与否具有举足轻重的作用。但是，正因为如此，部分农民对于新农合产生了误解，认为是把自己的保险金拿去补偿别人，因此不愿意参与新农合项目。同时，由于不了解报销的流程也导致了参保人满意度不高。
外出打工的保障有限
多数农村大部分青年或中年的劳动力外出打工，出现大量的空心村。这些外出打工的农民在打工所在地患病时，往往因为无法异地使用新农合，无法享受到实惠，因此热情大为降低。
国务院办公厅转发卫生部等部门关于建立新型农村合作医疗制度意见的通知.中国政府网.2023-09-08
关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知 .国家药品监督管理局.2023-09-08